Bank Polska Kasa Opieki Spółka Akcyjna został powołany w marcu 1929 roku, decyzją Ministerstwa Skarbu. Wśród akcjonariuszy spółki znalazły się trzy państwowe instytucje finansowe: Pocztowa Kasa Oszczędności, Bank Gospodarstwa Krajowego i Państwowy Bank Rolny.
Zapisanym w statucie celem banku, jako banku komercyjnego, była obsługa wszystkich większych skupisk polskiej emigracji. Do wybuchu II wojny światowej, Bank Polska Kasa Opieki S.A. posiadał swoje placówki we Francji, Argentynie, w Tel Avivie i w USA. Lata wojny (1939-1945) nie przyniosły bankowi znacznych strat w substancji majątkowej. Zachowane zostało także zaufanie klientów i renoma wśród emigracji.
Bank Polska Kasa Opieki S.A. swą działalność operacyjną wznowił na początku 1946 roku. W 1969 roku większościowym akcjonariuszem banku został Skarb Państwa. Mniejszościowym akcjonariuszem pozostała natomiast Powszechna Kasa Oszczędności (przed wojną działająca jako Pocztowa Kasa Oszczędności). W latach 1971 -1989, kiedy obywatele otrzymali możliwość posiadania walut obcych na rachunkach, bank wyspecjalizował się w dewizowej obsłudze ludności.
Po przewrocie ustrojowym i nastaniu gospodarki rynkowej w 1989 roku, Bank Pekao (bo taki skrót się upowszechnił) zaczął realizować zadania banku uniwersalnego, zarówno z ofertą bankowości detalicznej, jak i korporacyjnej i inwestycyjnej. Z początkiem marca 1991 roku Pekao otworzyło także pierwsze w powojennej Polsce biuro maklerskie.
W 1996 roku, decyzją rządu, utworzono Grupę Pekao S.A. obejmującą także Bank Depozytowo-Kredytowy S.A. w Lublinie, Pomorski Bank Kredytowy S.A. w Szczecinie i Powszechny Bank Gospodarczy S.A. w Łodzi.
W kolejnym, tj. w 1998 roku, rozpoczęła się prywatyzacja banku Pekao S.A. Skarb Państwa sprzedał w ofercie publicznej 15 proc. akcji Banku. Debiut banku na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie, 30 czerwca 1998 roku, był udany. Cena wzrosła do 55 zł za akcję, co oznaczało wzrost o 22 proc. względem ceny emisyjnej. W połowie 1998 roku akcjonariuszem Banku został Europejski Bank Odbudowy i Rozwoju, który objął nową emisję akcji wartości 100 mln dol. tj. 5,29 proc. kapitału.
3 sierpnia 1999 r. Pekao S.A. wszedł w skład międzynarodowej grupy bankowej UniCredito Italiano (UCI). Ministerstwo Skarbu Państwa zorganizowało przetarg na inwestora strategicznego – i pakiet 52,09 proc. akcji banku objęło konsorcjum UniCredito Italiano S.p.A. i Allianz AG.
W 2005 roku została podjęta decyzja o połączeniu Grupy UniCredit i Banku HVB. Ten ruch miał olbrzymie znaczenie dla Polski, ponieważ wymuszał połączenie banku Pekao S.A. z częścią banku BPH S.A. (której strategicznym inwestorem był właśnie bank HVB). Wiosną 2006 roku zostało podpisane przez Ministerstwo Skarbu Państwa i UniCredit porozumienie określające warunki integracji banków. Potrzebne były m.in. zmiany w polskim prawie, oraz zgoda Komisji Nadzoru Finansowego, ale ostatecznie 30 listopada 2007 roku dokonano prawnej fuzji banków. Klienci indywidualni i biznesowi przyłączanych do Banku Pekao SA oddziałów Banku BPH S.A., oraz wszyscy klienci korporacyjni, stali się klientami nowego Banku Pekao SA.
W Zarządzie Banku Pekao S.A. zasiada 6 osób. Prezesem Zarządu od 1 maja 2011 roku jest Luigi Lovaglio. Funkcje Wiceprezesów Zarządu sprawują: Diego Biondo, Marco Iannaccone, Andrzej Kopyrski, Marian Ważyński i Grzegorz Piwowar.
Rada Nadzorcza Banku Pekao S.A. składa się z 9 osób. Rolę Przewodniczącej pełni Alicja Kornasiewicz, Wiceprzewodniczącymi są Roberto Nicastro i Jerzy Woźnicki, a Sekretarzem Alessandro Decio. Na prawach Członka w Radzie Nadzorczej Banku Pekao S.A. zasiadają: Oliver Greene, Enrico Pavoni, Leszek Pawłowicz, Krzysztof Pawłowski i Paweł Dangel.